Les missions vous sont proposées par les kage pour ce qui sont dans les villages, mais vu qu'il n'y a pas encore de village les missions vous seront transmises par les citoyents et d'autres ninjas.
Elles sont classées par difficultées:

Missions de rang D: peuvent être faites par tout le monde.
Missions de rang C: tout le monde sauf les genins.
Missions de rang B: Jounins et plus.
Missions de rang A: Anbu et plus.
Missions de rang S: Sanin et kage.